BLAST är en datoralgoritm som är tillgänglig för användning online på National Center for Biotechnology Information (NCBI) webbplats, såväl som många andra webbplatser. BLAST kan snabbt anpassa och jämföra en fråge-DNA-sekvens med en databas med sekvenser, vilket gör den till ett viktigt verktyg i pågående genomforskning.
Är BLAST en primär databas?
BLAST är den mest använda programvaran inom bioinformatikforskning. Dess huvudsakliga funktion är att jämföra en sekvens av intresse, frågesekvensen, med sekvenser i en stor databas BLAST rapporterar sedan de bästa matchningarna, eller "träffarna", som finns i databasen. Det här enkla programmet har två primära applikationer.
Är NCBI en databas?
NCBI har en serie databaser som är relevanta för bioteknik och biomedicin och är en viktig resurs för bioinformatiska verktyg och tjänster. Större databaser inkluderar GenBank för DNA-sekvenser och PubMed, en bibliografisk databas för biomedicinsk litteratur. Andra databaser inkluderar NCBI Epigenomics-databasen.
Används BLAST endast i NCBI-databaser?
BLAST är tillgängligt på webben på NCBI:s webbplats. Olika typer av BLAST är tillgängliga beroende på frågesekvenserna och måldatabaserna.
Hur fungerar BLAST-databasen?
Hur fungerar BLAST? BLAST identifierar homologa sekvenser med hjälp av en heuristisk metod som initi alt hittar korta matchningar mellan två sekvenser; sålunda tar metoden inte hänsyn till hela sekvensutrymmet. Efter den första matchen försöker BLAST starta lokala justeringar från dessa inledande matcher.
